Institut for Matematik huser følgende centre og netværk. Visse er direkte tilknyttet instituttet, andre deler faciliteter med os.

• Center for Kvantegeometri af Modulirum (QGM)
• Centre for Stochastic Geometry and Advanced Bioimaging (CSGB)
• Center for Videnskabsstudier (CSS)
• Center for Research in Econometric Analysis of Time Series (CREATES)
• T.N. Thiele Centret for Anvendt Matematik i Naturvidenskaberne (Thiele)